Gift 2 gange
Han var gift 1. gang med præstedatteren Karen Hansdatter, datter af Hans Jacobsen i Nykøbing.
Karen Hansdatter blev "forvirret i sindet" efter en barselseng, og iflg. Barfod fortælles det, at "da hun atter skulle føde, blev barnet taget fra hende i mange stykker, men hun selv døde med god forstand". 1635 skrev provsten til ham om at skifte, før han indgik nyt ægteskab.
Gift 2. gang med Karen Frederichsdatter iflg. Hans Christensen Humbles ligprædiken 1645.
Børn
Der var 3 døtre:
1. den ældste døde af pest
2. Birthe/Birgitta, født 1632, død 1708, begr. fredagen d. 9. nov. 1708, 76 år gl. (Kirkebog for Nyk. F. AO opslag 242). Var gift med hofsaddelmager Hans Jacob Zimmer. Foruden Gregers Zimmer havde de 3 børn (Barfod, Falsterske Geistligheds Historie I, s. 15, note 1), Karen Zimmer, Engel Marie Zimmer, Magdalene Zimmer (s. 15-19 inkl.)
3. Else Gregersdatter, "Den yngst er ubekendt" meddeler Barfod. Iflg. min egen forskning må denne tredje datter være den Else Gregersdatter, der var født 1633 i Kirkeby på Falster, død 28.4.1706 i Nyk. F. , gift med Niels Skytte, der var født o. 1629 Nyk. F.