Søn af sognepræst Morten Mortensen Hegelund og Marine, Ålborg. Gift 1558 med Marine Laugesdatter (1540-1600), datter af rådmand Lauge Steffensen og Mette Christjernsdatter Stephansen, Ribe.
Studerede i København, Leuven og Paris. Blev borger i Ribe i 1550'erne og drev studehandel og fiskeri, 1566 rådmand, 1568 kongelig tolder, 1577 borgmester.
Kongen gav ham 1577 vistnok et par gårde i Farup sogn i forlening og senere overtog han sammen med et par andre byens vinkælder. Fik 1581 et kannikedømme ved domkirken.
Om hans død fortælles, at han sammen med andre af borgerskabets i Ribe var på vej ud for at modtage liget af byens anden borgmester, Hans Fanniger, der var død på en rejse til Fanø. Da Peder Hegelund kom liget nær, blev han så heftigt syg, at han døde kort efter.
Enken Marine gift 1593 med Laurids Ægidiusen (1531-1597), tidligere rektor ved Ribe Katedralskole, præst i V. Vedsted og kannik.
Børn:
1. Morten Pedersen Hegelund (1559-1606), præst i Vilslev
2. Marine Pedersdatter Hegelund (1584-1603), g. med Niels Sørensen Glud, præst ved Ribe Sankt Katharine Kirke
3. Else Pedersdatter g.m. Laurits Hansen Slotsskriver Nr.5 og Borgmester i Ålborg